動燃事業団（現日本原子力研究開発機構）の深地層の研究施設は、地層の科学的研究を実施する施設であり、放射性物質を使用しないこと、周辺などを処分場にすることを目的とするものではないことを前提にその計画を積極的に支持しました。超深地層研究所の例では、岐阜県が瑞浪市などで進める東濃研究学園都市構想の一翼を担う地層科学研究だけでなく、地震研究など地球科学分野の研究にも開かれた研究施設とする等の意見も反映しつつ研究所の全体計画がまとまりました。こうして、超深地層研究所は、岐阜県瑞浪市をはじめとする関係自治体の議会において受け入れられることになりました。
しかし、超深地層研究所が公表された当日のＮＨＫニュースは、地域社会が納得していた科学的研究施設とは異なる「放射性廃棄物施設」とのテロップ入りで超深地層研究所計画を報道したために議会などに大きな混乱を引き起こしました。そのような、地域社会に誤解を生む報道もあって、一部の住民による「研究施設を認めれば、将来処分地になる」との運動は根強く続きました。そのような状況にあって、処分場にしない担保として、ＮＵＭＯへの貸与・譲渡の禁止、研究が終了する期限を設けることなどを条件として、幌延町および瑞浪市に懸案の深地層研究施設計画が相次いで実現しました。しかし、超深地層研究所は、放射性物質を使わない人工バリアの研究等の実施が受け入れられていないのです。また、今日に至るまでＮＵＭＯの人材を研修目的などで受け入れることができないままに、貴重な研究資源がその役割を終えようとしています。